Le origini dell’abbazia affondano le proprie radici nella prima parte del XII secolo. Dopo aver avuto l'approvazione del pontefice Innocenzo II, il 24 febbraio 1135 si disponeva l'inizio della costruzione del monastero che durò circa un anno, dal momento che l'atto di fondazione è datato aprile 1136. Il breve tempo impiegato per la realizzazione, considerando l'epoca in cui sorse, il luogo selvaggio e le difficoltà finanziarie, fanno pensare che agli inizi doveva trattarsi di una costruzione povera e di piccole dimensioni. La congregazione che vi si stanziò non era iscritta a nessun’associazione ma poteva essere definita di bendettini tradizionali. Il complesso monastico venne quindi nominato come San Benedetto in Vallalta, essendo in quel tempo la valle del Lujo identificata come Vallalta, per via della sua posizione elevata rispetto alla val Seriana. Il primo rettore provvisorio fu Ansuino, mentre il primo abate regolare fu invece Oprando. L’abbazia era dotata di potere signorile autonomo dall’autorità del vescovo, anche se formalmente rimaneva ad esso legata da vincoli quali la nomina degli abati e la consegna annuale di dodici libbre di cera, da consegnarsi nel giorno del Sabato Santo. Questa subordinazione vescovile esclude la convinzione, dovuta principalmente ad una falsa leggenda perorata per secoli dalla storiografia locale, secondo la quale l’abbazia appartenesse all’ordine cistercense.